سلام
میخواستم اگر ممکن هست در مورد چگونگی طراحی پرایمر و همچنین درباره پیدا کردن یک سکانس قابل قبول و مطمئن برای انجام pcr راهنمایی ام کنید.
ممنون میشم از راهنماییتون
با سلام
همانطور که در پ خ ، بخشی اش را عرض کردم،
برای پیدا کردن یک توالی مناسب برای دیتکشن(detection) یک ارگانیسم باید یک توالی منحصر به فرد از آن را PCR کنید.
یعنی توالی شما مختص به همان ارگانیسم باشد (تقریبا)، که به عنوان یک مارکر شناسایی همان ارگانیسم در نمونه ی شما استفاده بشه.
برای اینکار شما به ابزارهای NCBI نیاز دارید:
ما چند کار انجام می دیم. من تمام مراحل کار را برای یک ارگانیسم فرضی، مایکوباکتریوم توبر کلوزیس، انجام می دم.
1- پیدا کردن این باکتری در بخش نوکلوتید سایت NCBI
2- بلست کردن (BLAST) این ارگانیسم (بر اساس کد دسترسی ویا توالی فاستا- FASTA)
3- پیدا کردن یک سری توالی های منحصر به فرد از این ارگانیسم بر اساس نتایج بلست
4- پیدا کردن یک تعدا پرایمر های PCR بر اساس توالی های منحصر به فرد بالا
5- چک کردن پرایمرها
از اونجایی که الان توی اروپا و آمریکا روز هست و ترافیک NCBI بالاست ، نتیجه ی بلست بالا نمیاد.... هی قطع میشه... این پاسخ رو فردا تکمیل میکنم....
خیلی ممنونم بخاطر راهنمایی های خوبتون.
خیلی لطف میکنید.چشم منتظر میمونم.
فقط یه سوال کد دسترسی ویا توالی فاستا- FASTA چی هست؟ ببخشید من تازه وارد کار مولکولی شدم زیاد اطلاعی ندارم! :riz513:
این سوالارو زیاد میپرسم از اساتید ولی یا خوب جواب نمیدن یا اینکه میگن از فلان دانشجوی phd بپرس که داره کار میکنه!
اما من دیدم که شما همیشه خیلی خوب و روان توضیح میدن گفتم شما که ژنتیک می خونید بهتره از شما بپرسم
بازم ممنونم
ممنون
عجله نکنید!
از تمام مراحل کار عکس میگیرم و به همراه متن توضیح میدم....
فردا انشاالله
بهترین راه برای طراحی پرایمر برای ایزوفورم های یک پروتئین چیه به نظرتون ؟
راه دستی یا برنامه ها ؟
من هیچ راه دستی رو نمی شناسم، غیر از اینکه همه ی توالی رو پرینت بگیری و با یک ماژیک بیفتی به حونش!
ولی جدا!
gene runner هست که من توصیه نمی کنم،
به نظر من بهترین ابزار همون primer designer و primer BLAST موجود در سایت NCBI است . و نیز primer 3 (که الگوریتم هر دو یکی هست)
و در نهایت جک کردن پرایمر ها با بلست ان سی بی آی
منظورم کار با مگا4 هست و اینکه همونجا که بلست میکنیم ...
بعد مثلا میبینیم بین دو قسمت در یک آیزوفرم یک gap هست ولی در اون یکی آیزوفورم این gap وجود نداره .
با توجه به اینکه این دو تا آیزوفورم توی بقیه قسمت ها کاملا مشابهن ... خب حالا ما اگر از دو طرف gap یک توالی 20 تایی (مثلا !) انتخاب کنیم و از نظر مناسب بودن شرایط توی سایت چکش کنیم و خوب باشه ... به نظر شما میشه اینو سفارش داد ؟
اصلا کار علمی هست ؟؟
سلام کسی راجع به ایجاد جهش با استفاده از پی سی آر در دی ان ای های حلقوی چیزی میدونه؟
من به جوابش نیاز فوری داد تا آخر امشب ممنون میشم کسی اگه اطلاعی داره بگه
مرسی.شرایط پی سی آر در اون تغییری نمیکنه؟از لحاظ دما و..