[بیوشیمی] تاپیک چالش

[baran-]

یه سوال ساده دیگه:

در اسیدآمینه ها تفاوت دو اصطلاح باقی مانده و ریشه چیه؟ اصلا با هم فرق دارن یا ندارن؟

ریشه رو نمی دونم ولی
باقیمانده یا رزیدو به اخرین امینواسیدی که nترمینال پروتیین هست میگن.
البته مطمئنم نیستم

 

[alireza-ja]

همانطور که میدونید در توالی یابی پپتیدها به روش سانگر معرف 1 فلوئورو 2 و 4 دی نیترو بنزن استفاده میشود. سوال اینه که در این توالی یابی چگونه تشخیص میدن که این اسیدآمینه لایزین مربوط به انتهای n هستش یا مربوط به وسط زنجیره؟

 

[alireza-ja]

ریشه رو نمی دونم ولی
باقیمانده یا رزیدو به اخرین امینواسیدی که nترمینال پروتیین هست میگن.
البته مطمئنم نیستم

دوستان نظرتون در مورد این پاسخ چیه؟

 

[alireza-ja]

جهت بالا اومدن تاپیک

 

[somi3]

فکر کنم ریشه همون بیس اسید آمینه است ولی رزیدو یا باقیمانده وقتی دو اسید آمینه به هم وصل میشن یه مولکول آب از دست میدن میشه رزیدو.پس اصولا باید اکسیژن یا هیدروژنی کمتر از ریشه داشته باشه.هوووم؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟

 

[alireza-ja]

فکر کنم ریشه همون بیس اسید آمینه است ولی رزیدو یا باقیمانده وقتی دو اسید آمینه به هم وصل میشن یه مولکول آب از دست میدن میشه رزیدو.پس اصولا باید اکسیژن یا هیدروژنی کمتر از ریشه داشته باشه.هوووم؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟

بله احسنت این کاملا درسته.

ریشه منظور یک اسید آمینه کامل هستش که هنوز وارد زنجیره پلی پپتیدی نشده و تمام اجزاش کامله. حالا همین ریشه وقتی میخواد وارد زنجیره بشه یدونه oh و h (در مجموع یک مولکول آب) از دست میده و در نهایت اونچیزی که ازش باقی میماند را باقی مانده یا رزیجو میگویند.


گل گفتی و گل گفتی:a2d3::thanks:

 

[alireza-ja]

هنوز دو تا از چالشها بی پاسخ مونده دست بکار شید.

آبجی سومی شما هم با پاسخ به اون سوال باید یه چالش ایجاد کنید.

 

[alireza-ja]

هممون میدونیم که یدواستامید آنزیمهایی که در جابگاه فعالشون اسید آمینه گوگردی سیستئین دارند رو میتونه مهار کنه.مثل گلیسرآلدیئید 3 فسفات دهیدروژناز در گلیکولیز. حالا شما با طراحی یه آزمایش یا هر طور که راحتید اثبات کنید که اون سیستئین که یدواستامید بهش چسبیده توی جایگاه فعال بوده؟ از کجا معلوم اون سیستئین در جایی خارج از جایگاه فعال نبوده و با اتصال اون به یدواستامید باعث تغیر کانفورماسیون آنزیم شده و مهارش کرده؟

 

[alireza-ja]

همانطور که میدونید در توالی یابی پپتیدها به روش سانگر معرف 1 فلوئورو 2 و 4 دی نیترو بنزن استفاده میشود. سوال اینه که در این توالی یابی چگونه تشخیص میدن که این اسیدآمینه لایزین مربوط به انتهای n هستش یا مربوط به وسط زنجیره؟

 

[somi3]

همانطور که میدونید در توالی یابی پپتیدها به روش سانگر معرف 1 فلوئورو 2 و 4 دی نیترو بنزن استفاده میشود. سوال اینه که در این توالی یابی چگونه تشخیص میدن که این اسیدآمینه لایزین مربوط به انتهای n هستش یا مربوط به وسط زنجیره؟

لایزینی که تو n-ter هست بخاطر پیوند با dnfb غیر یونی میشه ولی بقیه یونی اند .بعد این لایزین یونی رو با حلال آلی جدا و بعد کروماتوگرافی میکنن .درسته؟

 

[alireza-ja]

لایزینی که تو n-ter هست بخاطر پیوند با dnfb غیر یونی میشه ولی بقیه یونی اند .بعد این لایزین یونی رو با حلال آلی جدا و بعد کروماتوگرافی میکنن .درسته؟

منظور از یونی و غیر یونی رو نفهمیدم. لایزین موجود در وسط زنجیره هم یک گروه آمین در زنجیره جانبیش داره که میتونه به معرف وصل بشه مثل سر n ترمینال. سوال اینه که این دو تا لایزین چطور از همدیگه قابل تشخیص هستن چه تفاوتی دارن؟ با جداسازیش کاری نداریم.

 

[somi3]

منظور از یونی و غیر یونی رو نفهمیدم. لایزین موجود در وسط زنجیره هم یک گروه آمین در زنجیره جانبیش داره که میتونه به معرف وصل بشه مثل سر n ترمینال. سوال اینه که این دو تا لایزین چطور از همدیگه قابل تشخیص هستن چه تفاوتی دارن؟ با جداسازیش کاری نداریم.

این امکان هست که lys سر آمین با 2 تا dnfb واکنش بده و لیزین وسط زنجیره با یکی؟

 

[alireza-ja]

این امکان هست که lys سر آمین با 2 تا dnfb واکنش بده و لیزین وسط زنجیره با یکی؟

بله دقیقا همینه لایزین انتهایی با دوتا معرف واکنش میده ولی لایزین وسط زنجیره با یکی.

درست گفتید. اونیکی سوال هم جواب بدید دیگه عالی میشه.

 

[somi3]

هممون میدونیم که یدواستامید آنزیمهایی که در جابگاه فعالشون اسید آمینه گوگردی سیستئین دارند رو میتونه مهار کنه.مثل گلیسرآلدیئید 3 فسفات دهیدروژناز در گلیکولیز. حالا شما با طراحی یه آزمایش یا هر طور که راحتید اثبات کنید که اون سیستئین که یدواستامید بهش چسبیده توی جایگاه فعال بوده؟ از کجا معلوم اون سیستئین در جایی خارج از جایگاه فعال نبوده و با اتصال اون به یدواستامید باعث تغیر کانفورماسیون آنزیم شده و مهارش کرده؟

:5::shocked::shocked::shocked:

 

[alireza-ja]

:5::shocked::shocked::shocked:

سوال رو متوجه نشدید یا سوال سخته؟

 

[somi3]

یه سوال

در تعیین توالی اسیدهای آمینه محل پیوند دی سولفیدی رو چه جوری تعیین میکنن؟

توی لننینجر نوشته:

بعد از تکمیل تعیین توالی------------->تجزیه مجدد پروتیین با تریپسین(بدون شکست پیوند دی سولفیدی)------->جدا سازی پپتیدهای حاصل و مقایسه با پپتیدهای ابتدایی حاصل از تریپسین-------->به ازای هر پیوند دی سولفیدی ،

دو پپتید ابتدایی حذف شده و یک پپتید جدید بزرگتر ظاهر میشود50):50):----------> دو پپتید حذف شده،نواحی از پلی پپتید دست نخورده را نشان میدهد که با پیوند دی سولفیدی به هم متصل می باشند.