بیشتر پژوهش هایی که دکتر ملک نیا در مرکز پژوهش های ملی فرانسه انجام داد، دربارهی ساختمان هموگلوبین و عوامل درگیر در فرآیند پروتئینسازی، بهویژه ساخت هموگلوبین، بوده است. برخی از مهمترین کارهای پژوهشی استاد ملک نیا به شرح زیر است:
۱- جداسازی اسیدهای آمینه با ستون کروماتوگرافی
در آن زمان اسیدهای آمینه را با حلالهای مختلف با روش کروماتوگرافی از هم جدا میکردند. ملک نیا برای نخستین بار از حلالهای فرار بهره گرفت. با این کار توانست اسیدهای آمینه را به خوبی از هم جدا کند و سپس با تبخیر محیط فرار، خود اسید آمینهها به صورت خالص برجای میماند. همچنین، با رادیواکتیو کردن برخی اسید آمینهها توانست بررسی هائی روی اسید آمینهها انجام داد.
۲- جداسازی پپتیدهای طبیعی و غیرطبیعی با ستون کروماتوگرافی
ملک نیا روش نوآورانهی خود را در جداسازی اسیدآمینهها، برای جداسازی پپتیدهای نیز به کار برد.
۳- جداسازی و مطالعه روی هموگلوبین های طبیعی و غیرطبیعی
ملک نیا برای نخستینبار از دو ستون کروماتوگرافی بهره گرفت و روی یکی، هموگلوبین طبیعی و روی دیگری، هموگلوبین غیرطبیعی میگذاشت. سپس، با کمک بافرهای کروماتوگرافی توانست پپتیدهای هر کدام را در ستون جابهجا کند و حرکت آنها را روی نمودار نشان دهد. به این ترتیب، پپتیدها یکی یکی از ستونها بیرون میآمدند و همزمان ثبت میشد و با مقایسهی دادههای به دست آمده از دو ستون میتوانستند ببینند اشکال هموگلوبین غیرطبیعی در کدام پپتید است. این روش کارها را خیلی آسان کرد و در آزمایشگاهها دیگر نیز به کار گرفته شد.