درباره پرایمر

dilak

New member
من در مورد پرایمر این ترم سمینار دادم اگه می خواین بذارم مطالبشو اینجا؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟
 

dilak

New member
پرایمر قطعه ای از rna است که مکمل بخش هایی از dna ما میتونه باشه .و پس از اتصال به تک رشته های dna باعث میشه dna پلی مراز کارش رو انجام بده. پس از مدتی که مجددا تک رشته های dna به واسطه ی عمل dna پلی مراز دو رشته ای شدن این سیکل ادامه پیدا می کنه یعنی مجددا پیوندهای هیدروژنی شکسته میشه و ... . به این ترتیب از یک مولکول dna اولیه هزاران کپی به وجود میاد.
قواعد مشخصی*برای*اینکه*بتوان*با اطمینان*یک*جفت*پرایمر موثر را انتخاب*کرد وجود ندارد.
در حال*حاضر پرایمر بیش*از هر عامل*دیگری*عامل*موفقیت*یا شکست*در یک*واکنش*تکثیری*است. بعضی*قواعد راهنمایی*های*مفیدی*را در مورد طراحی*آغازگر بیان می*کنند:
 

dilak

New member
طراحی پرایمر
1- طول*متوسط*هر پرایمر بین*30-18 جفت*باز باشد، زیرا پرایمر با طول*کوچک*اتصال*غیراختصاصی*را افزایش*داده و پرایمر بزرگ سرعت*هیبریداسیون*را کم*می*کند.
2- مقدارG-C دو پرایمر با هم*مشابه*بوده*و حدود 50-60 درصد باشد.
3- آغازگرها باید از نظر مکمل*بودن*با هم*کنترل*شوند. (پرایمر دایمر یا آغازگر دوتایی*یک*تکثیر مصنوعی*است*که*اغلب*در محصول PCR *مشاهده می*شود و عبارتست*از یک*قطعة دو رشته*ای*که*طول*آن*تقریبا به*مجموع*دو پرایمر نزدیک*است*و هنگامی*مشاهده*می*شود که*یک*پرایمر توسط*آنزیم*پلیمراز به*روی*پرایمر دیگر گسترش*یابد. مکانیزم*واقعی*که*چگونه*پرایمر دایمر تشکیل*می*شود بدرستی*مشخص*نیست.
پرایمرها با انتهای*مکمل*َ3 مستعد تشکیل*دایمر هستند. ممکن است ضعف*در آنزیم Taq * باعث*پلیمریزاسیون*مستقیم*الگوی *غیرهدف*شود. در هر حال*چنانچه*پرایمر دایمر بعنوان*مانعی*مشاهده*شوند می*توان*آن*را تا حدودی*با غلظت*حداقل*پرایمر و آنزیم*کاهش*داد).
4- در انتهای*َ3 پرایمر باید حداقل یک C *یا G قرار گیرد در توالی*هایی*که پرایمرهای آنها*دارای*انتهای*َ3 غنی*ا زG یا C است، احتمال*اتصال*اشتباهی*افزایش*می*یابد.
5- باید تا حد امکان*از توالی*های*پالیندرومیک*داخل*پرایمرها جلوگیری*کرد.
6- نسبت*چهار نوکلئوتید در آغازگر حتی*المقدور یکسان*باشد.
7- آغازگر به*توالی*تکرار شون8- دمای Tm *دو آغازگر نزدیک*هم*باشد. (حدمجاز دمای*اتصال*پرایمر طراحی*شده *باید بین*65-55 باشد. دمای*تکثیرایده*آل*72-62 می*باشد).
9- درجه*حرارتی*که*پرایمر به DNA * الگو متصل*می*شود به*طول*آغازگر و مقدارGC آن*بستگی دارد برای*پرایمرهای*حاوی GC *50% و دارای*20 نوکلئوتید، دمای*55 درجه*سانتیگراد پیشنهاد می*شود، برای*افزایش*اختصاصی*عمل*کردن*آغازگر حتی*ممکن*است*دماهای*بالاتری*هم*مورد نیاز باشد.
ده*ختم*نشود.
برای*اینکه*هر پرایمر با رشته*الگوی*خودش*هیبرید شود لازم*نیست*که*عینا و کاملا مکمل رشتة الگو باشد، برای*طراحی*پرایمر اغلب*از برنامه*های*کامپیوتری*ویژه*استفاده*می*شود. فاصله*بین*پرایمرهایی*که*با DNA ی* هدف*هیبرید می*شوند بطور معمول*کمتر از 15 کیلو باز می*باشد.****در حقیقت*یک*کاهش*اساسی*در سنتز موثر هنگامی*که*محصول*تکثیر متجاوز 1000 جفت*باز می*شود، مشاهده*می*گردد. به*همین*دلیل*طول*قطعه*مورد تکثیر در PCR نباید بیش*از 3 کیلوباز باشد وحد مطلوب*کمتر از 1 کیلوباز می*باشد. (****تکثیر قطعات*بسیار طویل*و بالای 40 کیلوباز مقدور است*اما نیاز به*روش*های*ویژه*ای*دارد).
 

dilak

New member
ویژگیهای پرایمر
دمای*ذوب*آغازگر :
****دمای*اتصال*باید بقدر کافی*پایین*باشد تا پرایمر و DNA الگو قادر به*اتصال*باشند و از سوی دیگر باید به*قدر مناسب*بالا باشد تا از تشکیل*اتصالات*غیراختصاصی*جلوگیری*کند. دمای*اتصال*از روی*شاخصی*به*نام*درجه*حرارت*ذوب*محاسبه*می*شود. دمای*ذوب*درجه*حرارتی*است*که*درآن*نیمی*از DNAها به*صورت*تک*رشته*ای*درآمده*اند. یکی*از مهمترین*مشخصات Tm ، *وابستگی*آن*به*ترکیب*بازی DNA است. گوانین و سیتوزین سه*پیوند هیدروژنی*و آدنین*و تیمین*دوپیوند هیدروژنی*دارند، بنابراین*هر چقدر مقدار گوانین*و سیتوزین*در DNA بیشتر باشد Tm بیشتراست.
دمای*2-1 درجه*سانتیگراد کمتر از Tm کافیست*که*هیبریداسیون*بین*پرایمر و DNAی*الگو در آن*صورت*گیرد. دمای*ذوب*بطور معمول*از طریق*فرمول*سادة زیر نیز محاسبه*می*شود.
Tm = (4 * (G + C) + 2 *(A + T)) برای *هر پرایمر 20 نوکلئوتیدی*

دو پرایمر باید طوری*طراحی*شوند که*دارای Tmیکسان*باشند در غیر اینصورت*حرارت*مناسب*برای*یک*پرایمر برای*جفت*دیگر نامناسب*خواهد بود.****بسیاری*از آزمایشگاه*ها دمای*چسبیدن*را از 5-3 درجه*سانتیگراد زیر دمای*ذوبی (Tm که*طریق*این*فرمول*محاسبه*شده*است*درنظر می*گیرند. از این*موضوع*نتیجه*گرفته*می*شود که *پرایمرهای*با طول*زیاد باعث*افزایش*بالا رفتن*اختصاصی*بودن*واکنش*نمی*شود. (البته فرمول*های دیگری نیز برای محاسبة Tm وجود دارند.)
 

dilak

New member
غلظت*پرایمرها و روش*اندازه*گیری*آن*
****غلظت*پرایمر بین*50/0 تا 5/0 میکرومول*و حد مطلوب*6/0 - 1/0 برای*یک*واکنش 25 میکرولیتری*می*باشد. غلظت*بالای*پرایمر باعث*بسط*غیراختصاصی*و پرایمر دایمر می*شود.
 

dilak

New member
اتصال*پرایمر
****دما و مدت*زمان*لازم*برای*اتصال*پرایمر به طول*پرایمر، ترکیب*نوکلئوتید و غلظت*پرایمر بستگی*دارد.****
با توجه*به*طیف*فعالیت*آنزیم Taq پلی*مراز که*در محدوده*58-20 درجه*سانتیگراد می*باشد، دمای*اتصال*در محدودهِ 72-55 درجه*سانتیگراد بطور معمول*بهترین*نتیجه*را می*دهد افزایش *دمای*اتصال*بسط*غیراختصاصی*را در انتهای*َ3 پرایمر کاهش*می*دهد. دمای*پایین*تکثیر همراه*باغلظت زیاد،*اختصاصی*بودن*واکنش*را کاهش*می*دهد.
 

dilak

New member
بسط*پرایمر
****مدت*زمان*بسط*بستگی*به*طول*توالی*هدف، غلظت*توالی* هدف*و دمای تکثیر دارد.****بسط*پرایمر بطورمعمول*در دمای*72 درجه*سانتیگراد انجام*می*شود (این زمان*برای*فرآورده*های*معادل*2 کیلو باز کافیست)*.
 

RBC!

New member
بهتر نبود به صورت پی دی اف میذاشتی؟ (فقط یه لینک )
 

admin

Active member
پرسنل مدیریت
بهتر نبود به صورت پی دی اف میذاشتی؟ (فقط یه لینک )
اینجور باشه بهتر از پی دی اف هست. اینجوری بقیه می تونند در جکع آوری مطالبشون از اینجا هم کپی بردارند
 

khoramdinesaeed

New member
سایت gmr.ir قسمت ابزار تحقیقاتیش برای طراحی پرایمر خوبه می تونید استفاده کنید
 
بالا