مساحت این کشور ۴۷۰۰۰ کیلومتر مربع است که از نظر وسعت صد و سی و پنجمین کشور جهان محسوب میشود.
بوتان در ارتفاعات هیمالیا و در بین کشورهای چین و هند, و در شرق نپال قرار دارد. میزان بارندگی در این کشور بیش از ۳۰۰ سانتی متر در سال میباشد، و درجه حرارت آن به ۲۷ درجه سانتی گراد در جنگلهای جنوبی میرسد. کوههای هیمالیا بیشتر کشور را در بر میگیرد.درههای مرکز بوتان فراخ و حاصلخیز است.جلگه باریک دورارز که جنگلی نیمه استوایی است، در امتداد مرز هند جای دارد.
شهرهای مهم این کشور فونتشولینگ ، پارودز ، یاتونگ هستند قله جومولهاری با ارتفاع ۷۳۲۶ متر بلندترین قله این کشور در مرز مشترک با تبت