توكسين هاي باكتري ها را به طور كلي مي توان به دو دسته تقسيم بندي كرد:
۱) اندوتوكسين ها (Endotoxins) كه از اجزاي ديواره سلولي باكتريايي مانند غشاء خارجي ،مي باشد و پس از ليز باكتري ، به درون محيط آزاد مي شود كه بارز ترين مثال آن ليپوپلي ساكاريد lipopolysaccharide (LPS) باكتريايي در باكتري هاي گرم منفي مي باشد كه به طور جداگانه به آن پرداخته ايم.
۲) دسته ي ديگر از توكسين هاي باكتريايي ، اگزوتوكسين ها (Exotoxins) هستند كه به طور عمده از جنس پروتئين بوده و به درون محيط زندگي باكتري ترشح مي شوند. كه خود از لحاظ عملكرد و مكانيسم به چندين كلاس تقسيم بندي مي شوند كه در اينجا به شرح آن خواهيم پرداخت.
توكسينو ژنسيز (Toxigenesis) به معناي توانايي توليد توكسين مي باشد كه در بسياري از باكتري هاي پاتوژن اين توانايي ديده مي شود. اگزوتوكسين باكتريايي معمولاً به محيط كشت و يا ميزبان ترشح مي شوند اما باكتري هايي هستند كه جهت آزاد سازي اگزوتوكسين توليد شده درون سيتوپلاسم سلولي بايد ليز شوند مانند عامل ديفتري ، كورينه باكتريوم ديفتريا ، كه تا زمانيكه ليز نشود توكسين توليد شده درون سيتوپلاسم آزاد نمي شود.
همانطور كه گفته شد اگزوتوكسين ها به طور عمده پروتئيني و گاهي اوقات قطعه اي پلي پپتيدي هستند. اگزوتوكسين ها اكثراً داراي فعاليت آنزيمي هستند و مي توان آنها را آنزيم هايي در نظر گرفت كه سوبستراي (مواد اوليه مصرفي) آنها مواد حياتي سلولي مي باشد. براي مثال توكسين ديفتري كه توسط باكتري كورينه باكتريوم ديفتريا (Corynebacterium diphtheriae ) توليد مي شود چيزي جز يك آنزيم نيست كه سوبستراي آن EF2 (Elongation factor-2) سلول هاي بدن ما مي باشد كه اين توكسين آنرا غير فعال مي كند . فاكتور EF2 يكي از فاكتور هاي اصلي پروتئين سازي در سلولها مي باشد كه پس از غير فعال شدن سلول ديگر توانايي توليد آنزيم ، رسپتور ، پمپ هاي غشائي ... و ديگر فراورده هاي پروتئيني سلولي را از دست مي دهد.
توكسين ها معمولاً در فاز لگاريتمي (Exponential growth) رشد باكتري ها ترشح مي شوند و قاعدتاً هم از باكتري هاي زنده توليد مي شوند اما همانطور كه گفته شد در برخي موارد مانند باكتري ديفتري ، توكسين پس از ليز باكتري در محيط آزاد مي شود.
توليد توكسين معمولاً براي باكتري ها اختصاصي است به طوريكه فقط كورينه باكتريوم ديفتريا توليد توكسين ديفتري مي كند يا فقط كلسترديوم تتاني (Clostridium tetani ) توليد توكسين تتانوس (tetanus toxin) مي كند. در اين ميان فقط گونه هاي ويرولانت (بيماري زا) باكتري توانايي توليد توكسين دارند و گونه هاي غير بيماري زا و در اصطلاح غير ويرولانت (nonvirulent strains ) توانايي توليد توكسين را ندارند.
زماني تصور مي شد كه اگزوتوكسين فقط توسط باكتري هاي گرم مثبت توليد مي شود اما امروز مي دانيم كه هم باكتري هاي گرم مثبت و هم باكتري هاي گرم منفي توانايي توليد توكسين را دارند.